stow/oh-my-zsh/.oh-my-zsh/plugins/samtools/_samtools

   1 #compdef samtools
   2 #autoload
   3
   4 local curcontext="$curcontext" state line ret=1
   5 local -a _files
   6
   7 _arguments -C \
   8   '1: :->cmds' \
   9   '2:: :->args' && ret=0
  10
  11 case $state in
  12   cmds)
  13     _values "samtools command" \
  14         "view[SAM<->BAM conversion]" \
  15         "sort[sort alignment file]" \
  16         "mpileup[multi-way pileup]" \
  17         "depth[compute the depth]" \
  18         "faidx[index/extract FASTA]" \
  19         "tview[text alignment viewer]" \
  20         "index[index alignment]" \
  21         "idxstats[BAM index stats (r595 or later)]" \
  22         "fixmate[fix mate information]" \
  23         "flagstat[simple stats]" \
  24         "calmd[recalculate MD/NM tags and '=' bases]" \
  25         "merge[merge sorted alignments]" \
  26         "rmdup[remove PCR duplicates]" \
  27         "reheader[replace BAM header]" \
  28         "cat[concatenate BAMs]" \
  29         "bedcov[read depth per BED region]" \
  30         "targetcut[cut fosmid regions (for fosmid pool only)]" \
  31         "phase[phase heterozygotes]" \
  32         "bamshuf[shuffle and group alignments by name]"
  33     ret=0
  34     ;;
  35   *)
  36     _files
  37     ;;
  38 esac
  39
  40 return ret