stow/oh-my-zsh/.oh-my-zsh/plugins/bedtools/_bedtools

   1 #compdef bedtools
   2 #autoload
   3
   4 local curcontext="$curcontext" state line ret=1
   5 local -a _files
   6
   7 _arguments -C \
   8   '1: :->cmds' \
   9   '2:: :->args' && ret=0
  10
  11 case $state in
  12   cmds)
  13     _values "bedtools command" \
  14         "--contact[Feature requests, bugs, mailing lists, etc.]" \
  15         "--help[Print this help menu.]" \
  16         "--version[What version of bedtools are you using?.]" \
  17         "annotate[Annotate coverage of features from multiple files.]" \
  18         "bamtobed[Convert BAM alignments to BED (& other) formats.]" \
  19         "bamtofastq[Convert BAM records to FASTQ records.]" \
  20         "bed12tobed6[Breaks BED12 intervals into discrete BED6 intervals.]" \
  21         "bedpetobam[Convert BEDPE intervals to BAM records.]" \
  22         "bedtobam[Convert intervals to BAM records.]" \
  23         "closest[Find the closest, potentially non-overlapping interval.]" \
  24         "cluster[Cluster (but don't merge) overlapping/nearby intervals.]" \
  25         "complement[Extract intervals _not_ represented by an interval file.]" \
  26         "coverage[Compute the coverage over defined intervals.]" \
  27         "expand[Replicate lines based on lists of values in columns.]" \
  28         "fisher[Calculate Fisher statistic b/w two feature files.]" \
  29         "flank[Create new intervals from the flanks of existing intervals.]" \
  30         "genomecov[Compute the coverage over an entire genome.]" \
  31         "getfasta[Use intervals to extract sequences from a FASTA file.]" \
  32         "groupby[Group by common cols. & summarize oth. cols. (~ SQL "groupBy")]" \
  33         "igv[Create an IGV snapshot batch script.]" \
  34         "intersect[Find overlapping intervals in various ways.]" \
  35         "jaccard[Calculate the Jaccard statistic b/w two sets of intervals.]" \
  36         "links[Create a HTML page of links to UCSC locations.]" \
  37         "makewindows[Make interval "windows" across a genome.]" \
  38         "map[Apply a function to a column for each overlapping interval.]" \
  39         "maskfasta[Use intervals to mask sequences from a FASTA file.]" \
  40         "merge[Combine overlapping/nearby intervals into a single interval.]" \
  41         "multicov[Counts coverage from multiple BAMs at specific intervals.]" \
  42         "multiinter[Identifies common intervals among multiple interval files.]" \
  43         "nuc[Profile the nucleotide content of intervals in a FASTA file.]" \
  44         "overlap[Computes the amount of overlap from two intervals.]" \
  45         "pairtobed[Find pairs that overlap intervals in various ways.]" \
  46         "pairtopair[Find pairs that overlap other pairs in various ways.]" \
  47         "random[Generate random intervals in a genome.]" \
  48         "reldist[Calculate the distribution of relative distances b/w two files.]" \
  49         "sample[Sample random records from file using reservoir sampling.]" \
  50         "shuffle[Randomly redistrubute intervals in a genome.]" \
  51         "slop[Adjust the size of intervals.]" \
  52         "sort[Order the intervals in a file.]" \
  53         "subtract[Remove intervals based on overlaps b/w two files.]" \
  54         "tag[Tag BAM alignments based on overlaps with interval files.]" \
  55         "unionbedg[Combines coverage intervals from multiple BEDGRAPH files.]" \
  56         "window[Find overlapping intervals within a window around an interval.]" \
  57     ret=0
  58     ;;
  59   *)
  60     _files
  61     ;;
  62 esac
  63
  64 return ret